Farmakogeneettinen laaja testipaneeli, DNA-tutkimus verestä

B -FarmL-D ATK 8946

Farmakogenetiikalla tarkoitetaan geneettisiä variaatioita, jotka vaikuttavat lääkeainevasteeseen. Potilaan yksilöllisten ominaisuuksien huomioiminen lääkkeen valinnassa ja annostuksessa on osa nykyaikaista ja taitavaa lääkkeiden määräämistä. Testin tulokset auttavat ennakoimaan lääkkeiden vaikutuksia potilaaseen sekä annostelemaan lääkkeitä aiempaa turvallisemmin ja tehokkaammin.
Farmakogeneettisessä laajassa testipaneelissa tutkitaan noin 20 lääkeainemetaboliaan vaikuttavaa geeniä. Paneeliin on valittu geenit, joiden variaatiot vaikuttavat yleisesti määrättyjen lääkeaineiden metaboliaan. Sytokromi P450 (CYP) on tärkein ensimmäisessä vaiheessa lääkeaineiden aineenvaihduntaan osallistuvista entsyymijärjestelmistä. CYP-entsyymejä on useita ja eri lääkeianeet metaboloituvat eri CYP-entsyymien kautta. Toisaalta joidenkin lääkeaineiden metabolia vaatii usean eri entsyymin toimintaa (vrt. varfariinihoito; CYP2C9 ja VKORC1). CYP-entsyymien variaatioiden lisäksi paneelissa tutkitaan variaatioita, jotka liittyvät lääkehoidon lisääntyneeseen sivuvaikutusriskiin (esim. SLCO1B1 ja faktorit FV ja FII). Laajennetussa paneelissa on mukana on lisäksi mm. syöpälääkemetaboliassa tärkeät TPMT- ja DPYD-geenit sekä G6PD-geeni joka on tärkeässä roolissa hemolyyttisen anemian riskiä arvioitaessa etenkin Afrikan maista tulevien potilaiden kohdalla.
Paneelin käyttö on kustannustehokkaampaa kuin erillisten geenien/variaatioiden tutkiminen yksittäin. Laajennettu paneeli kattaa yli 100 lääkeainetta, joiden vaikutus riippuu merkittävästi potilaan omasta perimästä.

Indikaatiot

Lääkehoidon aloitus, sopivan annostuksen määrittely. Epäily lääkehoidon tehosta. Lääkehoidon haittojen ennaltaehkäisy.

Näyte

3 ml EDTA-verta.
Tutkimusta tilattaessa potilaalta tulee pyytää matkapuhelinnumero tutkimuksen esitietoihin. Huom! KELA-korvauksen saamiseksi pyyntöön tulee liittää kliiniset esitiedot.

Säilytys ja lähetys

Lähetys mahdollisimman pian huoneenlämpöisenä. Lyhytaikainen (1-3 vrk) säilytys jääkaapissa. Näyte ei saa jäätyä.

Menetelmä

Tutkimus tehdään TaqMan-kemialla (SNP-variaatiot OpenArray-teknologialla ja CYP2D6-geenin monistuma/puutos TaqManMGB kemialla). Tutkimuksella ei havaita tutkittavien geenien harvinaisia variaatioita eikä CYP2D6-geenin mahdollisia harvinaisia muunnoksia, joilla saattaa olla vaikutusta metabolianopeuteen.

Tutkittavat variaatiot

Geeni	Variaatio	Geeni	Variaatio	Geeni	Variaatio
ABCB1	rs1045642	CYP2D6	rs1065852	CYP3A5	rs55965422
ALDH2	rs671	CYP2D6	rs1080985	CYP3A5	rs56411402
BCHE	rs1799807	CYP2D6	rs1135840	CYP3A5	rs776746
BCHE	rs1803274	CYP2D6	rs16947	DPYD	rs3918290
BCHE	rs28933389	CYP2D6	rs201377835	DPYD	rs55886062
BCHE	rs28933390	CYP2D6	rs28371706	DPYD	rs67376798
CYP1A2	rs12720461	CYP2D6	rs28371725	FII	rs1799963
CYP1A2	rs2069514	CYP2D6	rs35742686	FV	rs6025
CYP1A2	rs2069526	CYP2D6	rs3892097	G6PD	rs1050828
CYP1A2	rs35694136	CYP2D6	rs5030655	G6PD	rs1050829
CYP1A2	rs762551	CYP2D6	rs5030656	G6PD	rs137852339
CYP2B6	rs2279343	CYP2D6	rs5040862	G6PD	rs5030868
CYP2B6	rs28399499	CYP2D6	rs5030865	G6PD	rs5030869
CYP2B6	rs3211371	CYP2D6	rs5030867	G6PD	rs72554665
CYP2B6	rs34223104	CYP2D6	rs59421388	G6PD	rs78478128
CYP2B6	rs3745274	CYP2D6	rs72549346	GRIK4	rs1954787
CYP2C19	rs12248560	CYP2D6	rs72549351	IFNL3	rs12979860
CYP2C19	rs28399504	CYP2D6	rs72549353	SLCO1B1	rs11045821
CYP2C19	rs41291556	CYP2D6	rs72549354	SLCO1B1	rs11045872
CYP2C19	rs4244285	CYP2D6	rs72549356	SLCO1B1	rs11045879
CYP2C19	rs4986893	CYP2D6	rs769258	SLCO1B1	rs2306283
CYP2C19	rs56337013	CYP2D6	rs774671100	SLCO1B1	rs4149056
CYP2C19	rs72552267	CYP2D6	del/dup (CNV)	SLCO1B1	rs4149081
CYP2C19	rs72558186	CYP3A4	rs2740574	TPMT	rs1142345
CYP2C9	rs1057910	CYP3A4	rs35599367	TPMT	rs1800460
CYP2C9	rs1799853	CYP3A5	rs10264272	TPMT	rs1800462
CYP2C9	rs28371686	CYP3A5	rs28365083	TPMT	rs1800584
CYP2C9	rs56165452	CYP3A5	rs28383479	UGT1A1	rs4148323
CYP2C9	rs9332131	CYP3A5	rs41303343	UGT1A1	rs887829
		CYP3A5	rs55817950	VKORC1	rs9923231

Tekotiheys

2x kk

Vastausaika (arkipäivää)

15-20

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto. Tulkinnassa hyödynnetään yhteistyökumppanin (Abomics Oy) farmakogeneettistä asiantuntijaosaamista. Tuloksen tulkinta perustuu mm. Abomics Oy:n GeneRx-tietokantaan, joka sisältää useista eri lähteistä kootut tiedot geenien vaikutuksesta lääkkeiden tehoon ja turvallisuuteen, mukaan lukien fenotyyppikohtaiset suositukset annosohjeineen.

Huomioitavaa

Tämän tutkimuksen tulos tallennetaan automaattisesti geenitaltioon, joka on potilaan henkilökohtainen tietovarasto geenitestien tuloksille.
Tutkimusta tilattaessa potilaalta tulee pyytää matkapuhelinnumero tutkimuksen esitietoihin. Kun pyydetty tutkimus on valmistunut, vastataan tulos normaalilla vastausliikenteellä asiakkaan potilastietojärjestelmään. Lisäksi tulos tulkintoineen tallennetaan Geenitaltio-palveluun. Potilas saa tallennuksesta puhelimeensa viestin, jossa annetaan ohjeet geenitaltioon kirjautumiseen. Geenitaltiosta tulokset ovat potilaan hyödynnettävissä tarvittaessa.
(Potilas voi halutessaan kieltäytyä antamasta puhelinnumeroaan, mutta tällöin hän ei saa viestiä tulosten valmistumisesta itselleen.)
Lisätietoja: www.geenitaltio.fi

Lisätietoja

Terveysportti, Farmakogenetiikka, www.terveysportti.fi
PharmGKB julkinen tietokanta, www.pharmgkb.org/index.jsp
Abomics Oy, www.abomics.fi

Tiedustelut

Sairaalageneetikko: Kirsi Piippo,
etunimi.sukunimi@medix.fi

Tekopaikka

SYNLAB Tallinna

Päivitetty: 01.03.2019

Takaisin